La Maestría en Ciencias en Sistemas Complejos cultiva dos Lineas de Generación y Aplicacion del Conocimiento, que a continuación se explican
El objetivo de esta LGAC es estudiar los sistemas compuestos por muchos componentes que pueden interaccionar entre sí, tales como: el clima global terrestre, el cerebro humano, la red eléctrica, los sistemas electrónicos, organizaciones sociales, un ecosistema, etc. Lo anterior implica que los modelos resultantes son difíciles de caracterizar debido a las interacciones dinámicas que se establecen entre sus partes, y sus propiedades como la no linealidad, la adaptación y la retroalimentación obedecen a las relaciones que definen su comportamiento. Así entonces, implica la contribución de muchos campos diferentes, dando lugar a la complejidad transdisciplinar.
El objetivo de esta LGAC es estudiar problemas ambientales complejos tales como la contaminación, el cambio climático, la sustentabilidad de los ecosistemas, etc. y proponer soluciones integrando tecnologías que busquen mejorar el desempeño y la eficiencia en el uso de recursos que impliquen una mayor sostenibilidad a largo plazo, minimizando impactos negativos en el medio ambiente, optimizando los recursos naturales y reduciendo la deuda ecológica como pasivo ambiental humano. El planteamiento igualmente puede verse como un problema complejo que requiere de la competencia de distintas áreas de investigación de forma transdisciplinar.